网站的逻辑结构也叫做链接结构，主要是指由网页内部链接所形成的逻辑结构。逻辑结构和物理结构的区别在于，逻辑结构由网站页面的相互链接关系决定，而物理结构则由网站页面的物理存放位置决定。

在网站的逻辑结构中，一般采用“链接深度”来描述页面之间的逻辑关系。“链接深度”指从源页面到达目标页面所经过的路径数量，如某网站的网页A中，存在一个指向目标页面B的链接，则从页面A到页面B的链接深度就是1。

与物理结构类似，网站的逻辑结构同样可以分为扁平式和树形两种。

1.扁平式逻辑结构

扁平式逻辑结构的网站，实际上就是网站中任意两个页面之间都可以相互链接，也就是说，网站中任意一个页面都包含其他所有页面的链接，网页之间的链接深度都是1。目前的网络上，很少有单纯采用扁平式逻辑结构作为整站结构的网站。

2.树形逻辑结构

是指用分类、频道等页面，对同类属性的页面进行链接地址组织的网站结构。在树形逻辑结构网站中，链接深度大多大于1。