微距镜头因为本身镜头结构的关系，自动对焦速度会比较慢。再加上微距镜头的景深非常小，镜头放大率早1:1的情况下，光圈收缩到F22最小，其景深只有2mm。如果1:2的放大倍率下，使用F22光圈，景深页大约只有6mm。景深很浅，相机稍微的晃动或者被摄体小小的移动都会使画面主体跑到焦外。合焦需要精确到毫米的程度，用人眼来确认是最保险的。而且自动对焦点和拍摄者想对焦的位置并不一定相同，即使使用自动对焦锁定在微距拍摄时出现对焦不准情况的可能性也很大。鉴于以上原因，微距摄影更适合采取手动对焦。

而对于使用卡片机上的微距功能的拍摄者来说，微距摄影会使快门速度变得很慢，使用自动对焦功能比手动还有慢，所以必须手动对焦。为了生成效果较好的微距图像，部分数码相机带有自拍模式，可有效防止相机的震动。

如今的数码单反相机引入了“live view”的功能，直接通过相机的液晶显示器进行取景、对焦。这一功能在对焦需要很精确的微距摄影中很管用。可以先通过取景器手动对焦，再通过“live view”来放大显示想要的对焦的局部，进行精确合影。