计算机病毒在潜入计算机后一般不单独以文件形式存在，而是将自身合并到系统正常的程序文件中，因为合并了程序，所有大多数病毒会使系统文件的长度有所增加，少数病毒通过改进算法，将自身合并到系统文件中但系统文件的长度并不发生变化。因为病毒也是一段程序，为了达到一定的目的，他必将要对计算机发出一系列的操作指令，这些操作指令的发布要靠一段段的程序代码来完成，而这些命令病毒执行任务的代码可以通过一系列的技术手段从病毒中分离出来，作为判断系统是否染毒的参照物，这种代表着病毒特征的代码就称为病毒特征码，杀毒软件便是通过程序自动分析计算机的每一个文件，并自动查找这种病毒特征码来判断系统是否有病毒存在，每一个病毒的特征码都不相同，所以杀毒软件要自己从特征码库中抽取每一个病毒的特征来对应查找系统文件中的病毒，这一过程随着目前病毒数量的增加，使得杀毒软件病毒特征库也日益庞大，从而使查杀病毒的过程变得相对漫长，一般查杀一台完整的安装有操作系统和应用软件的计算机至少需要十分钟或更久的时间，有时这也取决于计算机硬盘中存储文件的多少。